System kontroli wewnętrznej w Alior Banku to ogół rozwiązań i działań zapewniających realizację ustawowo określonych celów systemu kontroli wewnętrznej, które jednocześnie wspomagają zarządzanie Bankiem, przyczyniają się do skutecznej realizacji jego zadań oraz zapewnienia bezpieczeństwa i stabilności funkcjonowania Banku. W ramach systemu kontroli wewnętrznej Bank wyodrębnia: funkcję kontroli, komórkę do spraw zgodności oraz niezależną komórkę audytu wewnętrznego.

Obowiązujący w Banku system kontroli wewnętrznej zbudowany jest zgodnie z modelem III linii obrony:

Na wszystkich trzech liniach obrony pracownicy Banku, w ramach przypisanych im obowiązków służbowych, odpowiednio stosują mechanizmy kontrolne lub niezależnie monitorują przestrzeganie mechanizmów kontrolnych. Poszczególne linie obrony są wydzielone, charakteryzują się odrębnością ról i obowiązków, które zostały zdefiniowane w regulaminie organizacyjnym Banku oraz w dedykowanych politykach i procedurach. Pomimo, że linie obrony są rozłączne dzielą się informacjami i koordynują działania w zakresie ryzyk, kontroli i ładu organizacyjnego. Wszystkie trzy linie obrony mają takie same zadanie tj. wsparcie Bankuw osiągnięciu celów systemu kontroli wewnętrznej.

Organy Banku przywiązują szczególną wagę do zapewnienia jakości i prawidłowości działania systemu kontroli wewnętrznej. Zarząd Banku odpowiada za zaprojektowanie, wprowadzenie oraz zapewnienie funkcjonowania adekwatnego i skutecznego systemu kontroli wewnętrznej w szczególności zatwierdza kryteria wyodrębnienia procesów istotnych, wykaz procesów istotnych i ich powiązanie z celami systemu kontroli wewnętrznej oraz określa i nadzoruje działania naprawcze, które są podejmowane w celu usunięcia najistotniejszych nieprawidłowości. Komitet Audytu Rady Nadzorczej zajmuje się m.in. bieżącym monitorowaniem i dorocznym przeglądem jakości skuteczności systemu kontroli wewnętrznej. Rada Nadzorcza w szczególności zatwierdza zasady funkcjonowania systemu kontroli wewnętrznej oraz dokonuje oceny adekwatności i skuteczności tego systemu.

W 2019 r. Bank podjął szereg działań mających na celu podniesienie jakości i skuteczności systemu kontroli wewnętrznej. W szczególności Bank dokonał przebudowy matrycy funkcji kontroli, wprowadził zmiany organizacyjne mające na celu wzmocnienie funkcji kontroli na II linii obrony oraz przeprowadził kampanię szkoleniowo-informacyjną w tym zakresie.